科学网R包

更新时间:2021-07-28 16:26:42 来源:才艺/体育/拓展    
字号:

#对表达量热图进行分组

library(pheatmap)

科学网R包

#读入数据

科学网R包

data<-read.table("HSP_protein.txt",row.names=1,header = TRUE) 

#读入——列分组信息

colgroup=read.table("group.txt",sep="\t",header=F,row.names=1,check.names=F,quote="")

#列分组命名

colnames(colgroup)=c("Group")

#定义颜色

color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10)

#定义分组的颜色

ann_colors=list(Group=c(XJ="#EE7AE9",YN="#00447E",Cr="#F34800"))


#画热图

pheatmap(data, scale = "row", #对行归一化 

show_rownames=F, #不显示行名-基因名

cluster_cols=F, #不对列进行聚类

treeheight_row = 15, #调整纵向数的高度

annotation_col=colgroup, #将列分组信息加入到列注释信息

clustering_distance_rows = "correlation", #聚类线长度优化

color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10),

cutree_rows=3, #按聚类树将所有行分为三组

gaps_col=c(12,24), #在第12,14列分组

cellheight=2,cellwidth=8, #每个各自的大小

fontsize_col=6, #列名的字号

main = "HSPs", #命名主标题

filename="heatmap_HSPs.pdf") #可保存为File type should be: pdf, png, bmp, jpg, tiff


本文标题:科学网R包
本文链接:http://yihuaneast.com/plus/view.php?aid=91301
当前位置: 微信刷阅读量价格平台工具软件 > 教育 > 才艺/体育/拓展 > 科学网R包

图说天下

×
织梦二维码生成器
app
教育
高中学校
职业学校